《经济适用住房管理办法》对经济适用房的定义是：政府提供政策优惠，限定建设标准、供应对象和销售价格，具有保障性质的政策性商品住房。从该定义上也可以看出其与一般商品住房的区别是非常大的，我们可以通过以下几个方面来比较一下。
　　1、建设目的不同。经济适用房的建设具有保障性质，建设目的是为了解决城市低收入住房困难家庭的住房问题，而一般的商品住房建设不以保障为目的。
　　2、土地性质不同。由于能够享受政府优惠政策，经济适用房所占用的建设用地是行政划拨用地，而一般商品住房的建设用地是出让土地，不但要通过公开招拍挂的程序，而且要按拍卖成交价向政府缴纳土地出让金。
　　3、享受的优惠政策不同。经济适用房除了土地享受划拨土地优惠外，在很多方面都能享受到政府的优惠政策。根据《上海市经济适用住房管理试行办法》的规定，经济适用住房建设项目还能享受到建设中的行政事业性收费与政府性基金的免收、建设项目外的基础设施费用由政府负担、不宜建设民防工程的免收民防工程建设费以及税收优惠等等。而一般的商品住房建设基本没有上述优惠政策。
　　4、定价区别。基于经济适用房的建设目的、土地性质及所享有的优惠政策，其价格是由政府限定的，《上海市经济适用住房管理试行办法》规定由组织出售经济适用住房的区(县)住房保障机构拟订。而一般的商品住房价格受市场波动，由开发商自行决定，政府在通常情况下不干预。
　　5、购房资格区别。一般的商品住房面向公众销售，购房者可根据自己的能力自主购买。但是，申请购买经济适用房有严格的标准，也有严格的审查程序。申请人的住房面积、可支配收入、是否发生过住房交易等均会影响到购买人的申请资格。
　　6、产权限制区别。经济适用房的产权是受到一定限制的，比如其转让需要满一定的年限，《上海市经济适用住房管理试行办法》规定为5年，并且需要房地产权利人、同住人之间达成一致意见，并征询原住房保障机构的意见。而一般的商品住房没有上述限制。