核心内容：农村合作医疗在将近50年的发展历程中，先后经历了20世纪40年代的萌芽阶段、50年代的初创阶段、60～70年代的发展与鼎盛阶段、80年代的解体阶段和90年代以来的恢复和发展阶段。面对传统合作医疗中遇到的问题，卫生部组织专家与地方卫生机构进行了一系列的专题研究，为建立新型农村合作医疗打下了坚实的理论基础。

　　1.社会满意度低
　　社会保险中最基本最重要的一点就在于，它强调的不是个人成本收益的平等，而是保险金的社会满意度。新型农村合作医疗作为一种社会保险，受益的农民和政府补助资金来源的纳税人的满意度对其成功与否具有举足轻重的作用。而调查中发现一些农民不参加新型农村合作医疗主要是基于新型农村合作医疗的保障水平低，农民了解不深，怕政策有变，认为是把自己的保险金拿去补偿别人了等的考虑。而参加新型农村合作医疗的农民不满主要是因为保障水平低，参加和办理报销的程序繁琐等。此外政策不公等导致新型农村合作医疗制度的社会满意度低。
　　2.保障水平低
　　新型农村合作医疗制度是以大病统筹兼顾小病理赔为主的农民医疗互助共济制度。这个定义显示出新型农村合作医疗制度是救助农民的疾病医疗费用的而门诊、跌打损伤等不在该保险范围内，这项规定使得农民实际受益没有预想的那么大。
　　3.新型农村合作医疗宣传
　　现有的宣传多集中在介绍新型农村合作医疗给农民带来的表面好处上，没有树立起农民的风险意识，也没有体现出重点，没有对那些不参加的农民进行调查，使得宣传大多停留在形式上。许多农民并不真正了解新型农村合作医疗制度的意义，他们仅从自己短期得失的角度考虑，由于自己身体好，生病住院的概率低，没有必要花那个冤枉钱。还有一些农民认为它跟以前的义务教育保证金一样，最后被政府骗走了，认为是把自己的保险金拿去补偿别人了。宣传也没有把具体的理赔标准发给农民，使得他们在理赔时，看到那么多药费不能理赔一些农民有被欺骗上当的感觉。
　　4.新型农村合作医疗制度办理程序
　　首先，参加新型农村合作医疗登记程序繁琐。 其次农村合作医疗的报销程序也很繁琐。城镇居民的医保都是可以拿来抵押一部分医药费的，可以直接在卡上交医疗费的，事后再来结算。国外的医疗保险更是让医院、医生与保险公司而不是患者发生直接的利益关系。有的村庄离报帐中心和信用社很远，来回的车费都比较贵。繁琐的登记、理赔程序增加了农民许多不必要的麻烦，降低了农民的满意度。
　　5.新型农村合作医疗实践中的案例
　　新型农村合作医疗的就诊患者，是完全自费后拿着医院开具的发票去所在辖区政府机关申请报销的。拿北京的特殊病患者为例。各个区县报销比例不同。比如同样的癌症患者顺义地区病人的报销能达到55%延庆怀柔的比例更高，而门头沟的只能享受40%的报销比例。但是这40%并不是申请了特殊病都给报的。比如放疗收据中只有小部分是西药其他是摄影及其他费用，这样下来比如10万元的放疗费用在门头沟能报销的只有不到3万元而在延庆可以达到7万元。另外癌症患者常年要吃中草药，门头沟的合作医疗中草药里没有放化疗成分是一分都不报的。而医保卡病人吃中药也能报。
　　6.农村内部医疗需求
　　在以上的这些背景下，从需求方面可以看到，由于新型合作医疗以大病统筹为主，小病仍然是用农民个人医疗帐户来支出。
　　一，就小病而言，当农民经常不生病时，觉得个人出资的那部分浪费掉了，于是会逐渐丧失参加合作医疗的动力。
　　二，从大病来说，由于农村内部也存在着较大的贫富差距，那些贫穷的家庭一旦得了大病，即使去医院就诊，能够报销一部分，但剩下的一部分他们依然无力偿付，所以这些贫困的家庭依然看不起病。当然对于那些富裕的家庭而言，这是给他们提供了实在的优惠。所以从大病的角度来看，不但新型合作医疗没有解决农村内部贫困家庭的医疗问题，反而使得他们与富裕农民家庭的差距变得越来越大，进一步加剧了农村的贫富差距。
　　三，农村现在呈现的状况是大部分的青年或中年的劳动力外出打工，农村呈现出大量的空心村。当这些农民工外出打工时，如果在外地生小病，他们只能在打工所在地看病，这样来说，他们参加新型农村合作医疗就没有得到实惠，这会降低他们的参与热情。当他们得了大病时，由于打工所在地路途遥远，甚至有些急性病时，他们去大型的医院就医，也无法享受到新型合作医疗的优惠。因为，新型合作医疗规定了，参加合作医疗的农民需要在定点的市县，乡镇的医院去就医报销。所以从农村目前大规模的农民工外出打工的角度来看，也出现了重大问题。
　　7.农村内部医疗供给
　　一，供方诱导需求突出。具体的讲就是在医患信息严重不对称的情况下，相当一部分定点医院对病人诊治时，并不是按照最有利的方案去开展，普遍存在开大药方，多开药，开贵药，过度消费医疗服务的现象。这不但增加了合作医疗服务的支出，也增加了农民的负担，使新型合作医疗没有真正发挥作用。
　　二，长期以来，农村卫生基础设施滞后，乡镇卫生院房屋破旧，一些贫困地方的卫生站甚至存在危房，医务人员短缺，且整体素质不高，长期得不到培训，技术骨干严重流失，很难满足农民日益增长的，多层次的医疗需求。甚至在农村出现到县，乡镇医院看错病，导致死亡的案例发生。另一方面，如果农民不去这些县，乡镇医院，而去省或者市一级的好医院，他们面临的又是天价的医疗费用，使得他们在一定程度上望而止步。所以从这点来看，也严重制约了新型合作医疗的有效运行。